热带医学与外科

抽象的

Omicron 的全基因组测序确定了 2021 年 11 月至 2022 年 1 月期间印度发生的多起疫情和引入事件

Shreedhanya D. Marathe、Varun Shamanna、Geetha Nagaraj、Nischita S、Muthumeenakshi Bhaskaran、KL Ravi Kumar

值得关注的变异株 (VOC) Omicron 是第三波 SARS CoV-2 大流行期间在包括印度在内的世界各地传播的主要变异株。世界卫生组织已将这种高度变异的变异株指定为 VOC，因为它具有高传染性和再感染风险。在 2021 年 12 月至 2022 年 1 月期间对 SARS-CoV-2 PCR 阳性样本进行了全基因组测序和分析。从检测到的 133 个 Omicron 变异株中，通过将它们与从 GISAID 获得的来自印度的 1586 个 Omicron 完整基因组进行背景化，进行了基因组分析。在印度大多数大都市中，Omicron 变异株的流行率在 3 个月内呈对数增长。由于可用的测序数据有限，我们确定亚谱系 BA.1 在 2021 年 11 月至 2022 年 1 月期间在印度占主导地位。此外，BA.2 亚谱系的第一个序列仅在 2021 年 12 月中旬从德里提交。观察到的两次疫情都是 BA.2 变体，并被发现在短时间内蔓延到多个城市。Omicron 疫情样本的快速传播和特定突变表明，与之前的变体相比，该变体具有高度传染性。该研究表明，基因组序列对于识别集群的出现并采取行动防止进一步传播事件非常重要。