基因组学和蛋白质组学数据挖掘杂志

抽象的

昆虫全蛋白质组树：基于信息论的“无比对”系统发育和“蛋白质组书”分组

崔在镇、金秉柱、金成厚

背景：昆虫是所有现存动物中最大的、物种多样性最高的群体，其“生物树”可被视为一种隐喻和概念树，用于捕捉现存昆虫复杂且不可预测的进化过程的简化叙述。目前，最常见的方法是构建“基因树”，作为生物树的替代品，方法是选择一组高度可比对的区域来代表每个生物体，这些区域是每个选定基因/蛋白质的代表。然而，这些选定区域仅占所有基因/蛋白质的一小部分，甚至占生物体整个基因组的更小部分。在过去的几十年里，许多现存昆虫的全基因组序列已经可用，这为使用信息论构建昆虫“全基因组或全蛋白质组树”提供了机会，而无需序列比对（无比对方法）。

结果：昆虫的全蛋白质组树显示：（a）人口统计分组模式与基因树中的相似，但群体的分支顺序存在显著差异，因此群体之间的姐妹关系也存在显著差异；（b）所有主要群体的创始人都是在树的根部附近的“爆炸式爆发”中出现的。

结论：由于生物体的整个蛋白质组序列可视为一本氨基酸字母表的“书”，因此可以使用信息论的文本分析方法构建书的树，而无需序列对齐。这种树为构建现存昆虫的进化和亲缘关系的叙述提供了另一种视角。